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I Carmelitani si stabilirono a Mesagne nel 1521, su invito del sindaco e degli eletti dei nobili e del popolo, per occupare la chiesa di Sant’Angelo, un’abbazia in pessime condizioni. Il 16 agosto 1520, Antonio Russo cedette loro in donazione il beneficio sulla chiesa di S. Angelo. Il sindaco e l’Università deliberarono di chiedere a Carlo V di cedere l’abbazia ai Carmelitani, impegnandosi a concedere loro il dazio sulla vendita del pane per dieci anni. L’8 gennaio 1521, il viceré Ramon de Cardona comunicò l’assenso dell’imperatore.
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La chiesa di S. Angelo fu restaurata dai Carmelitani all’atto del loro insediamento, e da quel momento le sue linee architettoniche rimasero sostanzialmente le stesse, con modifiche eseguite nella seconda metà dell’Ottocento.
I religiosi decisero di dotare la chiesa di un quadro raffigurante la Madonna del Carmelo e chiamarono il pittore Francesco Palvisino da Putignano, che realizzò l’opera. Si narra che avendo preteso una somma più alta di quella concordata con i religiosi decise di portare via il quadro ma non riuscì a portarlo fuori dalla chiesa, come se gli fosse impedito da un intervento sovrumano. Lasciò quindi la tavola nella Basilica.
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Successivamente, la Madonna del Carmine fu eletta Protettrice e Patrona di Mesagne, approvata dal clero mesagnese il 30 aprile 1651. La festa patronale viene celebrata il 16 luglio.
Nei primi decenni del ‘600, il convento fu ampliato secondo documenti notarili del 1639 e del 1644. La nobildonna Vittoria Ronzini nel 1737 donò tutti i suoi averi ai Carmelitani per la costruzione e il sostentamento del nuovo convento. Nel 1740, i religiosi diedero esecuzione all’obiettivo di ampliare il vecchio monastero e fare lavori nella chiesa, con l’inaugurazione nel 1743. L’area fu colpita da un terremoto nel 1743, ma i lavori di ricostruzione furono completati nel 1755. Nel 1774, i Carmelitani presero un prestito di 1660 ducati per terminare i lavori del convento. Nel 1844, dopo la soppressione napoleonica, il convento fu riaperto come entità autonoma. Diverse restaurazioni e eventi segnarono la storia del convento, tra cui un incendio nel 1854 e un’alluvione nel 1975, che rivelò l’esistenza dell’ipogeo di San Michele Arcangelo.
